تجزیه و تحلیل ساختار کامل ناحیه دی لوپ میتوکندریایی به همراه موتیف‌های تنظیمی در چهار گونه ماهیان خاویاری دریای خزر

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

چکیده

در این پژوهش قطعه کامل دی لوپ به همراه موتیف‌های تنظیمی آن در چهار گونه از ماهیان خاویاری دریای خزراز جنس Acipenser (چالباش A.Gueldenstadtii، قره برون A.persicus، شیپ A.nudiventris، اوزون برون A.stellatus) مورد بررسی قرار گرفت. استخراج  DNAبا استفاده از روش استات آمونیوم و واکنش PCR توسط یک جفت آغازگر اختصاصی جهت  تکثیر ناحیه کامل دی لوپ انجام گرفت. توالی‌یابی با استفاده از روش سنگر انجام شد. توالی تکراری مینی ستلایت در ناحیه بالادست دی لوپ و بعد از توالی کدکننده تی آر ان آ پرولین در همه گونه‌ها به جز شیپ مشاهده شد. نتایج نشان داد که واحدهای تکراری مرکزی 83-82 جفت بازی با 2/3 تکرار در چالباش و قره‌برون و 4/2 تکرار در اوزون‌برون سبب تنوع طول در این ناحیه شده است. علاوه بر این توالی تکراری مرکزی، دو توالی تکراری دیگر با اندازه 39 و 43  جفت باز نیز در این بخش مشاهده شد  که این توالی ها نیز با 2/3  تکرار در این ناحیه وجود داشتند. طول ناحیه کنترلی در گونه‌های چالباش، قره‌برون، اوزون‌برون و شیپ به ترتیب برابر با 921، 870، 826 و 839 جفت باز بود. بررسی ساختار کلی ناحیه دی لوپ نشان داد که ناحیه کنترلی  ماهیان خاویاری شامل همولوگ‌هایی از بلوک‌های توالی محافظت شده CSB می‌باشد که واحد های تکراری مینی ستلایت در بالادست این بلوک‌ها واقع شده‌اند. حضور توالی های تکراری مینی ستلایت در ناحیه کنترلی دی لوپ اهمیت این نشانگرها را در برنامه های حفظ منابع ژنتیکی و غربالگری ماهیان خاویاری نشان می دهد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Analysis of complete structure of mitochondrial D-loop region with regulating motifs in four sturgeon species of the Caspian Sea

نویسندگان [English]

  • Kh. Dadkhah
  • Gh. Rahimi Mianji
  • A. Farhadi
چکیده [English]

In this study, analysis of complete structure of mitochondrial D-loop region with its regulatory motifs was investigated in four species of the Acipenser of Caspian sea (A. gueldenstadtii, A. persicus, A. stellatus, A. nudiventris). DNA extraction was done by acetate Ammonium method and PCR reaction were performed by a pair of specific primers for the complete amplification of D-loop along with sequences associated with tRNA-threonine and proline. Sequencing on amplified fragments were was done on both strands. Repetitive sequence of tandem repeat (mini-satellite) was observed in the upstream site of D-loop region after the sequence of tRNA proline in all species except the Ship. The results showed that the central repetitive units of 83-82 pairs with 3.2  repetitions in A. persicus  and A. gueldenstaedtii and 2.4  repetitions in A. stellatus were the reason for the length variation in this region. In addition to the central repeat sequences, there were two more repetitive sequences of 39 and 43 bp in this section, which were also present with 3.2  repetitions. But none of these repetitive sequences was observed in ship. The length of the control region in the A. gueldenstadtii, A. persicus, A. stellatus, A. nudiventris was 921, 870, 826 and 839 bp, respectively. The overall structure of the D-loop region showed that the sturgeon control region is similar to that of other fish, including the homologues of the CSB-conserved  blocks, which are located on the upstream of these blocks. According to the presence of tandem repeat (mini-satellite) in control D-loop region and also the importance of these markers in conservation programs for genetic resources it  may be possible to use them in screening of sturgeon species.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Sequencing
  • mitochondrial D-loop
  • Sturgeon
  • Tandom repeat
  • Caspian Sea