بررسی کاربرد توالی‌یابی ناحیه کنترلی (D loop) DNA میتوکندریایی در مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت‌های تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus, Borodin, 1897) دریای خزر

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

چکیده

هدف از تحقیق حاضر بررسی تعیین ساختار ژنتیک جمعیت تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus) دریای خزر با روش توالی­یابی قطعه ناحیه کنترلیDNA میتوکندریایی بود. برای این منظور، تعداد 45 نمونه باله تاسماهی ایرانی از آب­های ساحلی مناطق مختلف دریای خزر جمع­آوری گردید. ناحیه کنترلی با استفاده از روش PCR تکثیر و توالی­یابی با استفاده از روش استاندارد انجام پذیرفت. تعداد 12هاپلوتیپ متفاوت در بین نمونه­های بررسی شده، مشاهده گردید. تنوع هاپلوتایپی و نوکلئوتیدی در نمونه­ها به­ترتیب برابر با 037/0 ± 795/0 و 0046/0 ± 0062/0 بدست آمد. بیشترین تعداد هاپلوتایپ (7 عدد) در بین نمونه­های رودخانه سفیدرود بود که از این تعداد 3 هاپلوتایپ A، B و E  اختصاصی بوده و در سایر مناطق مشاهده نشدند. نتایج تجزیه و تحلیل شاخص تثبیت (FST)بر اساس روش دوپارامتری و آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد که نمونه­های رودخانه سفیدرود با نمونه­های مناطق روسیه و آذربایجان اختلاف معنی­داری دارند (001/0 > P) و در نهایت وجود سه جمعیت شناسایی گردید. با توجه به تنوع بالای موجود درناحیه کنترلی، توالی این ناحیه می­تواند به عنوان یک نشانگر مناسب برای شناسایی و تعیین واحدهای حفاظتی و مدیریتی ذخایر جمعیت­های احتمالی تاسماهی ایرانی به کار گرفته شود و همچنین می تواند اطلاعات ارزشمندی از کاربرد روش­های مولکولی را به منظور ژنتیک حفاظت این گونه ارائه نماید.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Application of mitochondrial DNA sequences of the control region in genetic variability of Persian sturgeon (Acipenser percicus) Populations from the Caspian Sea

نویسندگان [English]

  • S. Nazari
  • M. Pourkazemi
  • M. Khoshkholgh
چکیده [English]

Direct mitochondrial DNA (mtDNA) control region sequencing analysis was used to investigate population genetic structure of Persian sturgeon(Acipenser persicus) in the Caspian Sea. A total of 45 specimens were collected from different locations of the Caspian Sea. mtDNA control region was amplified using PCR. Direct sequencing was performed according to a standard method. The results showed that 12 haplotypes were observed among 45 samples in the method. The highest numbers of haplotypes were observed in the Sefidrud River in which 3 haplotypes A, B and E among them were specific for the river and were not observed in the other locations. The average haplotype diversity (h) and nucleotide diversity (π) were 0.795±0.037 and 0.0062±0.0046, for control region sequencing, respectively. The results of Fst based on kimura- 2 parameters method and analysis of molecular variance (AMOVA) demonstrated that most variations occurred among the samples, and between samples of the Sefidrud and Russia and Azerbaijan are statistically significant (P<0.0001). Therefore, three distinct populations including Sefidrud, Russia and Azerbaijan were identified. As mtDNA control region is a highly variable segment, it may be used as a potential marker for identifying populations and for determining their management and conservation units, leading to the useful application of molecular markers in investigating conservation genetics of the Persian sturgeon.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Acipenser persicus
  • Mitochondrial DNA
  • genetic variation, Caspian Sea